中心实行校院两级管理。在学校宏观指导和学院的直接领导下，中心根据培养方案、教学大纲具体组织、实施实验教学计划，开展实验教学工作。

中心实行中心主任负责制，全面负责中心的实验教学与管理、教学资源的统筹调配。中心人员在中心主任的领导下共同制订中心发展规划、课程建设目标和实验教学要求，设备购置计划。

中心实行专职与兼职实验教师制，专职教师相对固定，兼职教师按实验教学和教学改革项目及科研需要实行流动管理，由交通运输学院统筹安排。

中心对各实验室进行统一管理，各实验室负责本实验室工作职责范围内的运行管理，专职和兼职人员相互补充，每个实验室及每台大型精密仪器的管理落实到人，以确保实验室的安全、高效使用。中心逐步实现全面开放式实验教学模式，以及各实验室教学资源实施统筹调配，资源共享，有效提高了设备利用率。