中心设主任1名，全面负责中心工作；副主任2名，分管中心的教学和日常管理。中心下设办公室，协助主任完成日常工作，办公室包括秘书1名、资产管理员1名、安全管理员1名。

按照优化、整合实验室资源配置、加强资源共享的总体思路，下设汽车运用与服务实验室、运输与物流实验室、交通规划与管理实验室、交通信息工程实验室、航运管理实验室等5个实验室。