根据 “三层次、八模块、八平台”的实验教学体系和丰富的实验项目，中心在学生选课方式上采用了灵活多样的选课制度，真正做到方便学生，以学生为本，在此实验教学体系下，主要采用以下四种课程选择方式，具有开放性、灵活性。
对培养计划内必选实验采用配给方式：由教学计划分配实验时间、实验室，主要包括面向全校的非交通运输类和交通运输类的基础型、设计综合型和专业应用型实验项目。
对培养计划内限选实验采用预定方式：由学生网上预定选择实验课程，根据选课情况排定具体的实验时间和实验室。
对培养计划外实验采用预定与定制结合方式：学生按自己的意愿、兴趣、能力等主动向中心申请和“定购”个性化实践项目，对于学生提出但中心不具备条件的实验项目，经论证后可以为学生“定制”实验条件。主要为面向全校的个性化/创新实践平台中个性化实验项目、课外科技活动等。
对科研项目采用双向选择方式：科研实践项目在网上公布，学生对项目进行选择，教师或项目主持人选定候选人面试，面试通过者参与科研项目的开发和研究工作，主要针对个性化/创新平台中的科研实践项目。
